Perencanaan pembangunan Desa Kliwonan telah dimasukan kedalam dokumen RPJMDes tahun 2023-2031 sesuai dengan Visi Misi dari Kepala Desa. Kemudian perencanaan pembangunan tahunan diuraikan di dokumen RKPDes. Pemerintah Desa Kliwonan pada hari Jumat, 12 September 2025 bertempat di Gedung Pertemuan Desa Kliwonan melaksanakan kegiatan Musyawarah Desa Kliwonan. 

Kegiatan Musdes dihadiri oleh Tim Monitoring Kecamatan, Kelembagaan Desa, Bidan Desa serta disabilitas. Agenda Musdes RKPDes yaitu pembahasan rencana kerja pembangunan desa tahun 2026. Pokok-pokok kegiatan telah dimasukan dalam Matriks Kegiatan RKPDes yang mana kegiatan tersebut akan dilaksanakan di Tahun 2026 dengan penyesuaian anggaran yang diterima desa.